起源

法華經寺的歷史可追溯至1260年，當時日蓮聖人為躲避松葉谷法難，逃到下總投靠富木常忍，此人是忠誠的信徒與地方顯要。法華堂就在1260年8月建於常忍的舊址。法華堂變成法華寺，最後又逐漸演變成法華經寺。

在同年歲末與春天，日蓮聖人於此處舉行百日講座。因此，這座廟被視為本化菩薩初転法輪（日蓮聖人首次傳講佛法）的聖地。另一位顯赫外護大田乗明來自附近的中山地區，他在自己的土地上建造持仏堂。持仏堂落成時受到日蓮聖人加持，後來成為本妙寺。

日蓮聖人於1282年入滅後，富木常忍成為住持並將寺院改名為日常。1297年時，日常訂下了保存寺中所有日蓮聖人遺物文件的規矩，以免這些文件佚失。所有文件均安全保存至今，目前收藏在聖教殿。

當日常圓寂時，淨妙太田之子日孝成法華寺第二任住持並興建本妙寺。從那時起，這位大住持同時監管兩座寺院，這種制度稱為兩寺住持制（両山一主制）。日孝圓寂後，日佑成為法華寺及本妙寺的第三任住持。他邀請重要外護千葉胤貞來主持法會。胤貞慷慨捐獻大量土地給寺院，以確保寺院能維持其財務狀況。日佑積極宣揚佛法，唱唸並抄寫《法華經》。他也曾多次朝聖身延山，使得權貴世家弟子日荷捐款給身延山。他也收集日蓮聖人撰寫的文件，並為這些文件編列索引。