祖師堂的日蓮聖人雕像與五層多寶塔獲封為日本最重要的文化資產。

經藏建於1784年，以八角旋轉書櫃收藏佛教完整典籍。

經藏位於祖師堂左邊。如果你前往祖師堂後方然後左轉，就會發現一排石階向下延伸，你將會在右手邊見到多寶塔（浮屠）。

多寶塔是兩層紅色多寶塔，建於日蓮聖人當初火化之地。此塔於1830年重建，這種建築在日本絕無僅有。

在日蓮聖人建立本門寺後，此寺已有約七百年歷史。

除了身延山久遠寺（日蓮宗宗派總本山），本門寺是日蓮宗五千多座寺院中的重要信仰中心。